Если "никак не проявляется в жизни бактерий, но при генетическом анализе ее можно различить", значит мы обсуждаем формальный вопрос. Изменяем определение вида, включив туда описанную метку как важный признак - и вуаля!

Имхо, неотличимость "белковых тел" является таковой, лишь если считать, что дело только в комбинации молекул в цепочках. Если, к примеру, принять существование некоей "жизнетворной силы" - о какой идентичности можно говорить?

И еще: когда создадут de novo живое, неотличимое от существующих видов, возможно, наше понимание биологической жизни изменится. Вместе, разумеется, с критериями.