Очень изяшно. Насколько я помню, именно по таким соображениям кристаллография в свое время отказалась от классификации по происхождению. Обнаружив, что абсолютно одинаковые кристаллы могут возникать совершенно разными путями.

Де-факто - да, один вид. Даже если де-юре будет решено иначе. Именно потому, что различие, которое нельзя проверить, будет на практике отсекаться бритвой Оккама. Т. е., зная о заведомом существовании искусственных двойников, систематики будут вести себя так, как будто их нет, и все бактерии с одинаковым геномом принадлежат к одному штамму.

Но Вас, как я понимаю, интересует не практический подход, а принцип?