Ну да, это конечно. Но это все развилки старые, и появление бактерий-гомункулюсов тут ничего не меняет.

Вы приходите к концепции геновида - главное - тождество в коде
Я, собственно, ни к чему не прихожу. А против абсолютизации кода есть прямой аргумент: существование неограниченно воспроизводящихся клеточных культур. Причем даже не упомянутой тут HeLa (которая все-таки имеет некоторые генетические отличия от нормального человеческого генома), а самых обычных, ни разу не мутантных, скажем, фибробластов. Генетически они неотличимы от Homo sapiens. Ну и кем их считать - жизненной формой человека? стадией жизненного цикла?
Тут-то и выплывает то, что Вы называете "апелляцией к морфологии". Хотя, на мой взгляд, и она не спасает от противоречий. Увы.